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南通大学研究生院（官网：yjs.ntu.edu.cn）是负责学校研究生招生、教育、管理工作，南通大学研究生院网站提供招生、培养、思政、学位、学科建设、就业指导、答辩公告等信息及研究生教育教学管理系统、研究生学位论文评审系统、本科生推荐免试申请系统、同等学力课程学习报名系统等信息平台。

南通大学拥有基础医学、临床医学、信息与通信工程3个一级学科博士点，22个一级学科硕士点，10个硕士专业学位点，现有研究生2700余人。