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南京理工大学教务处（官网：jwc.njust.edu.cn）下设教务管理科、教学质量评估科、教学研究科、数字化课程中心、语言文字办公室、实践教学科、教材供应中心等科室，南京理工大学教务处官网开设有本科综合教务管理系统、实验教学管理系统、科研训练管理系统、毕业设计（论文）管理系统、网络教学综合平台等业务管理系统。